人類免疫缺陷綜合徵首先發現於六、七十年代，而在80年代初，證明該疾病是由艾滋病毒所引 起。在隨後的十幾年裏，艾滋病以令人驚奇的速度在人羣中流行開來。從82年底美國疾病控制中心報道的800名病例到目前全世界有近二千多萬感染者。世界衛 生組織估計，僅在1996中就有三百多萬人被艾滋病毒感染。令人困惑的問題是人類免疫缺陷綜合徵是如何起源和在人羣中傳播開來的？爲什麼在這之前人們沒有 認識到這種疾病？
隨着對艾滋病毒研究的不斷深入，人們在不同的靈長類動物身上分離到類似於HIV的猴免疫缺陷 病毒，簡稱爲SIV。SIV同HIV在基因大小和組成上基本相同，但是SIV在其自然宿主猴體內並不引起任何疾病。可是當把從自然宿主內分離到的SIV接 種到非自然宿主猴時，將會導致類似於人類的免疫缺陷綜合症狀。例如將從佛羅里達長尾猴分離到的SIVsm接種到恆河猴時，經過一段臨牀潛伏期後，則產生類 似艾滋病的臨牀症狀，如腹瀉、體重下降、CD4和CD8細胞比例失調等等。人們還發現在野生的非洲綠猴體內分離到的病毒相互間的遺傳變異非常大，並且這一 變異和不同種屬猴的進化關係相一致，提示猴免疫缺陷病毒已在猴體內共同進化了相當長的時間。所有這些研究都提示人類的艾滋病毒可能是通過不同種屬間交叉傳 播的形式從猴類傳播到人。
一直到了90年代初，高峯及漢（Hahn）等人在進行非洲邊遠地區HIV-2的流行研究中， 爲艾滋病毒的起源提供了較直接的線索，進而證明B型艾滋病毒起源於猴艾滋病毒。該研究的最重要的發現是從一名HIV-2健康攜帶者身上分離到一株同猴免疫 缺陷病SIVsm和 SIVmac相類似的病毒（HIV-2／FO784）。在進化分析中，由於 FO784同SIVsm／mac的高度同源性，它們相互間在進化樹上已不能被區分開，強烈地提示人類艾滋病毒起源於猴免疫缺陷病毒。這不但爲後來的類似實 驗所證實，同時大量的流行病學結果也支持這一結論。首先，大約有 30％的野生佛羅里達長尾猴感染有SIVsm。大比例的野生猴攜帶有SIV，直接地證明了佛羅里達長尾猴爲SIVsm的自然宿主。第二，SIVsm和 HIV-2共同流行於非洲西部的幾個國家的同一地理區域內。並且共同生活在西非的人和佛羅里達長尾猴有着密切的接觸，例如人們常獵取佛羅里達長尾猴作爲寵 物或食品。第三，感染有SIVsm的佛羅里達長尾猴並不產生任何臨牀症狀，可是當把SIVsm接種到恆河猴時，則產生類似於人類的免疫缺陷綜合徵。所有這 一切說明SIVsm同佛羅里達長尾猴已形成一種共生關係，即佛羅里達長尾猴已成爲SIVsm的自然宿主，並且已不再因爲SIVsm的感染而產生任何臨牀症 狀。可是當SIVsm感染一個新的宿主時則引起在其自然宿主所沒有的臨牀表現。同SIVsm感染恆河猴一樣，當SIVsm感染到新的宿主人時，則在感染者 產生免疫缺陷綜合徵。因此人類免疫缺陷綜合徵實際上是一種動物傳染病，即一種在自然狀態下由動物傳染到人的疾病。當然最完善的證明應是獲得直接SIVsm 從佛羅里達長尾猴傳播到人的大量流行病學和遺傳學證據。然而在得到這一資料是幾乎不可能的前提下，從人類分離到SIV類似病毒，爲HIV起源於猴艾滋病毒 提供了最有說服力的證據。HIV—2的D亞型和E亞型同其相應的SIV密切相關，並且在進化分析中同相應SIV形成同一組羣，而不能將其同SIV區分開 來。這說明至少D和E是通過二次獨立的從猴到人的傳播造成的。目前已發現至少5種不同的 HIV—2亞型，提示這種在不同種屬間的傳播對HIV—2來講可能至少發生了5次。不久前，在一次意外事件中，一名實驗人員由於沒有嚴格遵守實驗操作條例 而感染了SIV。在隨後2年多的追蹤調查中，從該實驗人員體內成功地檢測到病毒和相應抗體，表明該實驗人員已被SIV所感染。該意外事件直接地證明了免疫 缺陷病毒從猴類傳播到人類的可能性。
通過上述的研究，對HIV-2的起源有了比較明確的結論。可是對HIV—l的起源問題曾一直 是一個未解的迷。雖然說人們普遍認爲HIV-l同HIV-2一樣起源於相類似的猴病毒，可是一直缺少明確的證據。儘管已在黑猩猩體內成功地分離到一種類似 於人類HIV-l的病毒（SIVcpz），可是二者之間的遺傳物質差異很大。同HIV-2和SIVsm／mac的關係不一樣，在遺傳進化的分析中 HIV-l並不同任何SIVcpz形成密切相關的羣。另外在自然狀態下，黑猩猩的感染率十分的低。到目前大約有幾百只黑猩猩已經被篩選過，可發現僅有四隻 黑猩猩爲血清學陽性。這遠低SIVsm的自然感染率。根據目前所有的資料，人們對HIV-l的起源存在着二種看法。一種看法認爲人類的艾滋病毒起源於 SIVcpz，只是到目前還沒有采集到同 HIV—l密切相關的 SIVcpz樣品。然而由於黑猩猩的自然感染率非常低，這種可能性不大。另外一種看法認爲人類和黑猩猩的艾滋病毒享有共同的傳染源，然而，最新的實驗結果 表明，人類艾滋病I型病毒事實上是起源於非洲的黑猩猩。通過對黑猩猩宿主線粒體的及其所感染的SIV病毒基因序列的分析，該研究證明生活在非洲的四類黑猩 猩中，到目前爲止僅有兩類被其相應的SIV所感染。而當今所有流行的 HlV-l僅起源於其中一類生活在中西非國家的黑猩猩。
艾滋病毒是如何在人羣內在近十幾年來以令人驚奇的速度傳播，目前人們還沒有明確的回答。但是由於經濟的不斷髮展、交通運輸的發達而使人口流動性大幅度的增加、生活習慣的改變無疑在艾滋病的流行中起着重要的作用。
