以下這些疾病的症狀與肺膿腫的症狀相似，易被誤診。醫患在診斷的過程中應細心觀察相關疾病的症狀，避免誤診，延誤治療。
細菌性肺炎：早期肺膿腫與細菌性肺炎在症狀和X線胸片表現上很相似，但肺炎球菌肺炎多伴有口周皰疹、咳鐵鏽色痰而無大量膿臭痰，X線胸片示肺葉或段性實變或呈片狀淡薄炎症病變，邊緣模糊不清，沒有空洞形成。如細菌性肺炎經充分的抗生素治療後高熱不退，咳嗽、咳痰加劇並咳出大量膿痰時應考慮爲肺膿腫。
空洞型肺結核繼發感染：由於肺膿腫和空洞型肺結核有相同的好發部位，且慢性肺膿腫有咯血，臨牀上可誤診爲肺結核。但空洞型肺結核起病緩慢，病程長，有長期咳嗽、午後低熱、乏力、盜汗，食慾減退或有反覆咯血；X線胸片顯示空洞壁較厚，一般無氣液平面，空洞周圍炎性病變較少，常伴有條索、斑點及結節狀病竈，或肺內其他部位的結核播散竈，痰中可找到結核桿菌。
肺癌：癌性空洞繼發感染時與本病相似，但膿痰量較少。阻塞性感染由於支氣管引流不暢，抗生素效果不佳。X線胸片示空洞壁較厚，多呈偏心空洞，殘留的腫瘤組織使內壁凹凸不平，空洞周圍亦少炎症浸潤，肺門淋巴結可有腫大，故不難與肺膿腫區分。如不易診斷可從痰中找癌細胞和纖維支氣管鏡肺活檢以明確診斷。
肺囊腫繼發感染：肺囊腫繼發感染時，患者可有高熱、膿痰，胸片可見囊腫內氣液平，易誤診爲肺膿腫。但病人全身中毒症狀較輕，抗生素治療後，可很快控制病情，胸片改變較快，短期內恢復薄壁囊腔，可與肺膿腫鑑別。
