在肛瘻手術時，常可見到有其他疾病並存，如內痔、外痔、混合痔、肛裂、肛乳頭肥大等。如不給予處理會直接影響療效和療程；處理得當可減少術後併發症，加快術後傷口的癒合。對於合併的疾病，一般可在術後一併處理。
（1）內痔 在肛瘻內口的上方或兩側合併內痔，常因大便將內痔向下擠壓，壓迫內口，同時內痔粘膜分泌粘液，影響內口的創面的癒合。應根據痔核的大小治療，痔核較小者可採用硬化萎縮劑局部注射，使其萎縮；若痔核較大，或者脫出者，宜採用內痔切除縫合術或結紮術。
（2）外痔 在肛瘻切口兩側合併有外痔，常可導致皮瓣內翻，影響局部引流和癒合。治療可將皮下曲張性靜脈叢剝除，或採用激光或電灼將外痔切除，並修剪皮瓣，使其局部引流通暢。
（3）混合痔 在內口及肛管兩側合併混合痔者，可利用肛痞切口，作混合痔切除縫合術。
如創面過大，可用2一0的腸線縫合基底部1—2針。如混合痔與肛瘻現面有正常皮膚，可以做混合痔切口，進行外剝內扎術。
（4）肛裂 肛瘻合併肛裂，—般不必特殊治療。肛瘻治癒後，肛裂自然癒合。但陳舊性肛裂伴有肛乳頭肥大或結締組織部外痔時，應予以處理，將肥頭結紮切除，結締組織外痔切除。
在肛瘻合併其他疾病時，應在手術前合理安排切口部位，以免造成切口之間融合。肛管創口過大、創口不平整等亦會影響傷口癒合。
肛瘻術後常見併發症
1、出血：有較大的血管破裂，出現活動性出血點，此時要用絲線結紮出血點來止血。
2、尿瀦留：術後第一次排尿困難，尤多見於老年前列腺肥大病人。術後疼痛、局部麻藥過量也可引起排尿困難，一般按摩或熱敷小腹、聽流水聲誘導排尿均可見效。
3、創面假癒合：往往是換藥不及時或不適當所致，有些是屬於病人“體質性因素”造成的，此時只要重新切開假癒合的部分，使引流通暢即可，所以引流通暢很重要。
4、感染：手術後只要堅持換藥是不會感染的。如果感染，一定是糞便污染了創面，這時要清創，靜脈點滴抗生素控制感染。
術後小便困難的原因
（1）麻醉因素：麻醉使膀胱膨脹感覺遲鈍或消失，膀胱過度膨脹失去張力。
（2）尿道括約肌痙攣：術後肛門疼痛，使肛門括約肌痙攣，由於肛門括約肌和尿道括約肌屬同一神經支配，結果尿道括約肌也痙攣。
（3）臥牀後改變排尿習慣。
（4）肛門局部或腸腔敷料填塞過多：壓迫尿道。
