肛管直腸瘻主要侵犯肛管，很少涉及直腸，故常稱爲肛瘻，是與會陰區皮膚相通的肉芽腫性管道，內口多位於齒線附近，外口位於肛周、皮膚處。整個瘻管壁由增厚的纖維組織組成，內復一層肉芽組織，經久不愈。發病率僅次於痔，多見於男性青壯年，可能與男性的性激素靶器官之一的皮脂腺分泌旺盛有關。肛門直腸周圍膿腫是引起肛瘻的根本原因。膿腫破潰或切開後不能癒合，最終形成瘻管，其主要原因：
①肛門直腸周圍膿腫破潰或切開多在肛門外，膿液從外口流出，但原發感染多在肛竇。肛竇則是繼發感染的門戶，反覆感染，形成瘻道。
②瘻道多在肛門括約肌之間通過，由於括約肌經常不斷地收縮與舒張，壓迫瘻道，影響膿液的排除，容易貯膿感染而難以癒合。
③直腸內有一定的壓力，將直腸感染物質如糞便、氣體，可經常不斷地從內口進入瘻道，刺激腔壁，繼發感染後由外口排出，也是造成瘻道的原因。
④肛門直腸周圍膿腫破潰後，膿液排出，膿腔逐漸縮小，外部破潰口和切口也縮小，腔壁形成結締組織增生的堅硬管道壁，因而不能自然閉合。
⑤瘻道彎曲、或有竇、分支，引流不通暢，膿液瀦留，反覆感染，造成瘻道不易癒合。
⑥肛門靜脈迴流不暢，局部經常淤血，組織營養不良，影響癒合。
⑦結核桿菌、放線菌等感染所形成的膿腫，克隆氏病等難以自愈而形成特殊性肛瘻。
