瘻道一旦形成，就應及時手術。手術的方法是清除瘻管，徹底消除瘻道內口以達到根治。如不能手術則應控制感染，防止發展，但一般很難根治。
1、 非手術療法：（主要用於沒有條件手術的肛瘻的患者）
1）針對致病菌口服或靜滴抗生素。
2）外治法：通過局部薰洗、換藥，促使腫痛消退，炎症吸收。能改善症狀但不能根治。
2、 手術療法：（是根治肛瘻最有效的方法）
1）肛瘻切開法。（主要用於低位單純性肛瘻）
2）肛瘻切開掛線法。（主要用於高位單純性肛瘻）
3）肛瘻切開掛線對口引流法。（主要用複雜性肛瘻）
