其原因大致有以下幾種：
病毒感染
病毒感染是誘發兒童與青少年睾丸萎縮最爲常見的病因，尤其是流行性腮腺炎病毒，俗稱“痄腮”病。當睾丸受此病毒侵襲後，睾丸內的生精組織會受到破壞，睾丸體積縮小，質地變軟。
損傷或撞擊
損傷陰囊或睾丸部位發生過撞擊性損傷，造成陰囊血腫或睾丸裂傷等，即使創傷癒合，睾丸也會長期處於供血不充裕狀態，發生萎縮。
炎症重度睾丸炎
發病時睾丸腫脹、疼痛，可以持續多日。由於細菌侵犯而造成睾丸組織破壞，導致睾丸組織發生萎縮。
放射性物質影響
凡是較長時間接觸放射性物質者，例如長期從事X線、同位素等職業人員，如未作很好保護，會引起睾丸萎縮症。
內分泌疾病
睾丸是一種內分泌器官，主要產生雄激素，而身體上許多指揮內分泌的器官，如腦垂體、腎上腺、丘腦下部等出現疾病，都會干擾睾丸的功能，引起睾丸萎縮。
藥物影響
長期服用某些有毒性藥物，例如砷劑，或者反覆使用對抗雄激素的雌激素類藥物，例如乙芪酚等，都會引起睾丸萎縮。
