生豆漿中含有胰蛋白酶抑制物、皁甙和維生素A抑制物，還有豆腥味等。由於這幾種物質均有其抑制作用，如：胰蛋白酶抑制物本身就是一種蛋白質，它能選擇性地與胰蛋白酶結合，形成穩定的複合物，從而使胰蛋白酶失去活性，使蛋白質水解爲氨基酸的過程中受到抑制，妨礙膳食中蛋白質的消化、吸收和利用，降低豆漿的營養價值;皁甙對消化道黏膜有很強的刺激性，可引起充血、腫脹和出血性炎症，出現噁心、嘔吐、腹瀉和腹痛等症狀，還可抑制蛋白酶致甲狀腺腫等毒副作用;而維生素A抑制物又能氧化並破壞胡蘿蔔素。
此外，生豆漿中含有豐富的蛋白質、脂肪和糖類，是微生物生長的理想條件。因而，豆漿必須煮熟燒透。煮豆漿時，先除淨將上浮的泡沫，再用文火維持煮沸5分鐘左右，使有害物質被徹底分解破壞，並殺死微生物。
父母通過充分的浸泡、磨細、過濾、加熱等處理方式，能夠充分地利用大豆中的蛋白質，也能消除胰蛋白酶抑制素的不利影響。有時候，將生豆漿加熱到80℃-90℃時，會出現大量的白色泡沫，但這實際上是一種“假沸”現象，此時的溫度還不至於破壞豆漿中的皁甙物質。正確的煮豆漿方法應是，在出現“假沸”現象後繼續加熱3-5分鐘，使泡沫完全消失。但完全沒必要爲了保險起見，反覆地煮好幾遍豆漿，這樣雖然去除了豆漿中的有害物質，同時也造成了營養物質流失，因此，煮豆漿要恰到好處，而且也要控制好加熱時間。
