通常不嚴重。幾乎所有病人不需治療便可康復。手足口病通常在7-10天內痊癒。併發症不常見。極少病人可併發無菌性或病毒性腦膜炎，其症狀是發熱、頭痛、頸直或背痛。其他常見的併發症有：心肌炎、腦炎或腦膜炎、肺炎、肺水腫、脊髓灰質炎樣肢體癱瘓、過敏性紫癜等，多發生於發病後2～5 天，如不及時治療，可能致命。死亡率極低，僅十萬分之一或幾萬分之一。
