藥物流產的優點是損傷小，能減輕婦女對手術的恐懼心理和痛苦，但它完全流產率只有90％～95％。
一般來說，停經天數越短即妊娠時間越短，胚囊越小，絨毛膜促性腺激素水平越低，成功率就越高。不過，藥物流產時間較長，流產後出血較多，並有潛在大出血的危險。
因此，目前藥物流產還不能代替手術人工流產，在不全流產或者藥物流產失敗的時候，還得依靠手術流產。
總之，藥物流產和手術流產各有優缺點。應根據自己的具體情況來選擇。
如果早孕婦女停經時間在49天之內，身體一向健康，無藥物過敏病史，膽子較小，情緒緊張的可選擇藥物流產；反之，停經時間超過49天，又合併某些疾病，情緒較穩定的早孕者可選擇手術流產。如果流產經過順利，兩者都不會發生併發症。如流血時間長，發生不全流產等，則都會出現月經失調、盆腔炎、輸卵管阻塞等併發症。
目前有很多醫院在手術流產的基礎上開展起無痛人流方式，效果也不錯。這對於懼怕手術的婦女來說，無疑是一福音。因此，相對而言，手術人工流產選擇的餘地更大，如由手術熟練的醫生操作，成功率會更高。
