診斷依據：
生殖器念珠菌病的臨牀症狀表現多種多樣，因而診斷應根據相應臨牀特點並結合真菌學檢查，鑑於念珠菌是人體常駐菌，所以標本培養陽性或鏡檢只見到少數 孢子時，只能說明有念珠菌存在，不能診斷爲念珠菌病，只有鏡檢看到大量芽孢子，假菌絲或菌絲時，才能說明該菌處於致病狀態，必要時做病理檢查，發現真菌侵 入組織可作出診斷。
1、外陰陰道念珠菌病
（1）症狀：外陰瘙癢或刺激症狀，陰道分泌物增加。
（2）體徵：外陰潮紅腫脹，散在抓痕或表皮剝脫，慢性感染者外陰皮膚肥厚呈苔蘚樣變;陰道黏膜充血，紅腫或糜爛，陰道分泌物呈奶酪樣凝塊或豆渣樣。
（3）實驗室檢查：顯微鏡檢查可見假菌絲或芽生孢子陽性;念珠菌培養陽性。
對有典型外陰陰道症狀和體徵的患者可作出外陰陰道念珠菌病的臨牀診斷；對同時還具備實驗室檢查中任何一項指標的患者可作出明確診斷。
2、念珠菌性包皮龜頭炎
臨牀上有相關表現，特別是包皮內板及龜頭冠狀溝處有白色奶酪樣斑片或密集的紅色小丘疹，應考慮爲本病，實驗室做真菌鏡檢及培養，見到酵母樣菌，假菌絲或芽生孢子。
鑑別診斷
本病主要與滴蟲性陰道炎及由滴蟲引起的男性非淋病性尿道炎相鑑別。
1、滴蟲性陰道炎：陰道分泌物增多呈泡沫狀，有時可呈漿液性或膿性，味惡臭，並可有尿道炎，膀胱炎，宮頸炎，尿道旁腺及巴氏腺感染，偶有腎孟腎炎，可出現排尿困難，血尿及夜尿，陰道檢查可見宮頸充血，陰道壁充血，水腫，並有出血點，呈草莓狀外觀的特徵性表現，可查到陰道毛滴蟲。
2、男性非淋菌性尿道炎：症狀較淋病輕，表現爲尿道瘙癢，不適或排尿困難，可有膿性分泌物，亦可引起膀胱炎，前列腺炎或附睾炎，尿道分泌物可查到滴蟲。細菌性陰道病 無外陰炎的刺激症狀或體徵，陰道分泌物爲稀薄而均勻一。
3、外陰皮膚病： 外陰陰道念珠菌病還需與有外陰瘙癢或刺激症狀的溼疹，神經性皮炎，外陰瘙癢症，扁平苔蘚等皮膚病進行鑑別，這些皮膚病僅有外陰瘙癢和（或）外陰炎的症狀和體徵，無陰道炎表現，陰道分泌物做真菌鏡檢或培養爲陰性。
4、其他：如包皮龜頭炎。
