念珠菌是一種腐物寄生菌，廣泛存在於自然界。是人體正常菌羣之一，平時主要生存於人體的口腔、皮膚、粘膜、消化道、陰道及其他臟器中。正常人羣白色的帶菌率可高達40%；從陰道粘膜分離出來的念珠菌85%-90%爲白色。而白色的致病性最強。念珠菌的致病性是相對的。在正常情況下，寄生在人體內的念球菌呈酵母細胞型，一般不致病。在機體某些生理、病理因素影響下，陰道/陰莖內環境改變，機體抵抗力/免疫力降低時，念珠菌就會大量繁殖發展爲菌絲型，侵犯組織，達到一定量時，人體就會發病，引起臨牀症狀，所以白色念珠菌是一種條件致病菌。這些因素通常包括妊娠、糖尿病、口服避孕藥、抗生素及皮質激素使用等。婦女陰道上皮細胞糖原增加，酸性增強時，白色念珠菌會繁殖引起陰道炎，故本病常見於孕婦、糖尿病患者及接受雌激素治療的患者。
男性陰莖念珠菌的檢出率與包皮是否過長有着密切的關係。有包莖而未做包皮環切術者，陰莖的念珠菌檢出率高於已做包皮環切術者。患陰道念珠菌病的婦女的性夥伴，其生殖器念珠菌感染率高達70%，而有陰道念珠菌病患者的婦女，其配偶陰莖上念珠菌的檢出率是對照組男性的4倍多。與念珠菌陽性男性性接觸的婦女中，其念珠菌感染髮生率爲80%，而與念珠菌陰性男性性接觸的婦女中，其念珠菌的感染率爲32%。由此可見，生殖器念珠菌病與性接觸有密切的關係，陰道念珠菌與念珠菌龜頭炎可通過性接觸互相傳播。
生殖器念珠菌病與男性非淋菌性尿道炎鑑別
男性非淋菌性尿道炎，症狀較淋病輕，表現爲尿道瘙癢，不適或排尿困難，可有膿性分泌物，亦可引起膀胱炎，前列腺炎或附睾炎，尿道分泌物可查到滴蟲。
