非淋菌性尿道炎是完全可以治癒的，但是應得到正規的治療。應針對病原體治療，如條件不允許，用廣譜抗生素治療。Gopla在臨牀中發現，由於抗藥性，廣譜抗生素治療效果越來越低。
治癒標準：自覺症狀消失，無尿道分泌物，尿沉澱塗片無白細胞。
治療非淋菌性尿道炎的常用西藥是：
（1）四環素 每次0.5g，每天4次，至少服7天。一般2-3周。或四環素合劑（由3種四環素合成，每片含鹽酸去甲氯四環素69mg，鹽酸氯四環素115.5mg，鹽酸四環素115.5mg）1～2片，口服，2次/日，連服2～3周。四環素類藥物對妊娠婦女有致畸作用，故應禁用。
（2）強力黴素 首次口服0.2g，以後每次0.1g，每日2次，共服7-10天。
（3）阿奇黴素 首次0.5g，以後每次0.25g，每天1次，共服5天。或1g，一次頓服。
（4）美滿黴素（二甲胺四環素） 0.2g即刻，每次0.1g，每天2次，共服7～10天。患者服用後，部分有頭暈、心慌、胃脘不適噁心，嘔吐等不良反應。
（5）紅黴素：口服每天0.25g-0.5g每天3-4次，7-10天療。
（6）羅紅黴素 每次0.3g，每天1次，共服7天。或每次0.15g，每天2次，共服7天。有7%的病人出現副作用。
（7）紅黴素硬脂酸鹽 每次0.5g，每天4次，共服7天。
（8）紅黴素琥珀酸乙酯 每次0.8g，每天4次，共服7天。
（9）土黴素250mg，每天4次，連服7天。
（10）氟嗪酸（氧氟沙星）：口服200mg-300mg，每天2次，連服7-14天。亦可用氧氟沙星注射注液靜脈滴注，但不可滴速過快。
（11）氟哌酸200mg，每天3次，共用14天。
（12）環丙氟呱酸250-400mg，每天2次，連服7-14天。
（13）泰力特（紅黴素類的抗菌素）口服消炎治療。
（14）菌必治（頭孢三嗪）0.25-1g肌注或稀釋後靜脈滴注。
（15）先鋒五號（頭孢唑啉鈉）：2-6g分多次肌注或衡釋後靜脈滴注。
（16）壯觀黴素：男性2g，女性4g一次肌注。
（17）環丙沙星：250-500mg一天分兩次口服。可靜脈滴注。不宜跟茶喊類藥物同時使用。
（18）泰利必妥 每次0.2g，每天2次，共服7天。
應遵循及時量，規則用藥的原則，根據不同病情選用相應的抗生素治療。磺胺、利福平對衣原體有效，對支原體無效。慶大黴素、新黴素、多粘菌素對衣原體無效。鏈黴素、壯觀黴素對衣原體無效，對支原體有效。孕婦及兒童不宜用四環素、強力黴素、喹諾酮類藥物，可選用紅黴素。如屬淋病和非淋菌性尿道炎雙重感染者，則先採用青黴素、淋必治等治療。目前對四環素、強力黴素、紅黴素已有不少菌株產生耐藥。新一代合成抗菌藥喹諾酮類，不但對衣原體、支原體有效，對淋球菌也高度敏感。總之，治療非淋菌性尿道炎以四環素、紅黴素族藥物爲主，阿奇黴素、美滿黴素是近年來常用的治療本病的藥物，它們的療效較四環素高，有效率約90%以上。全國各地在治療本病時，均有不同的經驗。內服藥物治療時，同時應局部外用“潔爾陰”或“皮膚康”洗劑等中藥清洗，按時服藥，以免出現併發症。
非淋重在調養。從我的經驗，治療時要避免焦急、過多疲勞，注意充足睡眠，忌菸酒和辛辣食物。本病治療時所需的療程較長，最需要耐心。如果治療效果不佳，就要查明原因。如果是因爲耐藥性造成的，則要更換另外一種藥物治療。如果性伴侶也有同樣的病，而且沒有進行治療，則療效也不好。
