根據肛竇肛腺感染學說，肛腺感染是疾病發生的主要原因，肛腺上皮殘留可導致肛瘻的不愈和復發。內口及其瘻管周圍硬化、炎性組織在手術中若不徹底清除，容易促使術後創面癒合不良或創VI裂開。
內口不除則肛瘻不愈。復發，理論上講即又有感染的內口存在。經臨牀觀察，復發有以下情況值得重視：肛周膿腫或肛瘻本身確是一個內口，但處理時不夠徹底，導致復發，或雖然處理正確，但術後齒線下主切口處理不恰當，引流不暢，炎症又波及原內口周邊肛竇，形成新的“內口”，導致復發;或者本身就是一個肛腺有多個肛竇出口，或多個肛腺一個肛竇開口，導致處理時不充分、不徹底而復發。對於這一問題，臨牀上我們採用在切開內口時，同時將內口周邊黏膜及可疑肛竇一併結紮、切除，擴大內口處理範圍。對術後創面應仔細觀察，發現異常情況應儘早觸摸主切口附近齒線處，發現凹陷感等肛竇應及時切開引流，這有助於提高治癒率，減少復發。
