隨着輸尿管鏡的不斷改進和手術技術的提高，手術已相當安全，併發症也很少。
（1）發熱：偶有逆行感染髮熱。
（2）血尿：大多輕微，一般術後1—3天消失。
（3）輸尿管的損傷：發生率已很低，大多數很輕微。極個別會狹窄和閉鎖。需內腔鏡下擴張或切開治療。
輸尿管鏡碎石術應注意：
（1）臥牀休息，多飲水。
（2）術後靜滴抗生素3—5天，後改囗服數天。
（3）一般留置輸尿管導管和持續導尿2-3天。
