生理性卵巢囊腫也稱功能性卵巢囊腫，多見於處於生殖年齡的女性，囊腫可隨月經來潮減少或消失。但囊腫變大也可引起下腹脹痛，主要可分爲4種類型。
1.出血性囊腫
由於囊腫生長過於迅速，可對卵巢等周圍組織造成壓迫和牽拉，進而引起破裂出血，血液堆積於卵巢內形成出血性卵巢囊腫。這類情況囊腫消失需要的時間較長，可遵醫囑服藥減緩症狀，病情較嚴重時需要開刀切除。
2.漿液性及黏液性卵巢囊腫
此類囊腫較難自行消退，一般3個月後仍不見消退者，需要手術治療。具有分泌功能的漿液細胞及黏液細胞在排卵後被包埋在卵巢內，不斷分泌液體形成囊腫。
3.巧克力囊腫
是指子宮內膜異位症長在卵巢內，形成大量黏稠咖啡色像巧克力狀的液體。巧克力囊腫可隨時間推移迅速增大，不斷對周圍組織和器官形成巨大壓迫和損害，尤其可對卵巢組織形成不可逆的損害。
4.畸胎瘤
功能性卵巢囊腫中的畸胎瘤是一種很特別的囊腫，多爲實質性，可同時存在大小不等的囊腔，內含外、中或內胚層組織的衍生物如毛髮、牙齒、軟骨、平滑肌、支氣管或腸壁等。畸胎瘤本身不會自行消失，而且有可能不斷成長，大部分爲良性囊腫，另有15%機率造成卵巢扭轉，爲避免不必要的傷害，也應及時治療。
