黃連素的通用名叫鹽酸小檗鹼，是從黃連、黃柏等小檗科植物中提煉出來的一種抗菌性生物鹼，黃連素能對抗病原微生物，對多種細菌如痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌及白喉桿菌等都有抑制作用，其中對痢疾桿菌作用最強，常用來治療細菌性胃腸炎、痢疾等消化道疾病，系治療腹瀉的有效藥物，常作爲居家旅行的常備藥物，但人們卻沒有認識到黃連素是一種抗菌素，對腹瀉不加區分地胡亂服用，有害於健康，在抗菌素濫用的今天，重新認識黃連素、準確應用並嚴格管理使用是十分有必要的。
現代醫學研究發現：在人的腸道內共生着600餘種、100萬億的龐大菌羣系統。離開它們，人類就不能健康地生存，因爲它們能合成供給人體自己所不能合成的各種必需維生素，能合成供給人體腸黏膜再生和修復所必需的短鏈脂肪酸如丁酸，特別重要的是這些腸道微生物還是構成腸淋巴免疫系統的重要成員，而腸淋巴免疫占人體免疫功能系統的70%，長期濫用黃連素將對上述系統造成不可估計的損失。
腹瀉的原因衆多，總體可分感染性和非感染性腹瀉，感染性腹瀉多呈急性腹瀉;非感染性腹瀉，多呈慢性腹瀉。黃連素只適用於感染性腹瀉。胃腸感染表現可輕可重，輕者僅腹痛、腹瀉，重者會有噁心、嘔吐、發熱寒戰、食慾不振，嚴重時導致脫水、酸中毒、休克。一般而言，對輕型炎症可以選用黃連素，但也根據炎症的控制情況，適量適時運用，對於重型則必須合用抗感染作用強的抗菌素。
目前所認識的疾病如腸易激綜合徵、潰瘍性結腸炎、營養不良、內分泌疾病、過敏性疾病等，都可以導致慢性腹瀉，對這種非感染性的腹瀉，黃連素不僅無用而且有害。腸道健康的保衛者——腸道菌羣將遭到破壞，日久可導致腸道菌羣失調，特別是腸道產丁酸菌匱乏後，將造成腸黏膜再生修復障礙、黏膜滲透性增加，腸道的選擇性吸收功能將會降低或喪失，從而使大量的病原菌或有害物質得以乘機進入，進一步引發炎症和免疫功能紊亂，輕者引發腹瀉、腸易激綜合徵，長期久治不愈將引發腸癌及腸病併發症等。
黃連素是化學合成藥物，不是中成藥，對於中醫辨證爲脾胃虛寒型的腹瀉，黃連苦寒，反而易傷脾胃，損害胃腸功能，更易出現胃痛、噁心等消化系統症狀，加重病情。
因此，對於不明原因的腹瀉不能隨意服用黃連素，最好能根據醫院糞便、血液檢查情況選用，一般性腹瀉1-2次無其他伴隨症狀，由飲食不節、水土不服等因素引起，保持清淡飲食，人體即可自行恢復，但反覆發作就要查明原因了。
