治療小兒便祕應針對病因治療。這種治療也叫基礎治療 ，雖然緩慢但確實有效 ，一般經過 2～ 4周時間 ，就會打破便祕的惡性循環。 有些家長見寶寶便祕就用瀉藥 ，結果非常容易復發 ，還會逐步加重。
基礎治療的主要內容爲 ：①排便習慣訓練 ；②合理飲食 ；③足量飲水 ；④增加活動量 ；⑤心理行爲治療。
以上環節缺一不可。不重視“基礎治療”而首先盲目採取藥物治療或其它治療 ，在醫學上叫“不全處方” ，弊病很多。而在“基礎治療”的前提下 ，多數便祕患兒均可於短期取得滿意療效。
對於某些便祕嚴重的患兒 ，應在基礎治療的同時 ，給予藥物治療 ，如膨鬆劑 （植物纖維、米糠製劑、滲透劑 ）的使用 ，可從腸道吸收水分軟化糞便 ；個別病例有腸道傳輸功能減慢或功能性出口梗阻的患兒 ，待確診後給予特殊藥物治療 ，一般治療大多數兩週內痊癒。
