【病因學】
扁平苔蘚的病因不明，從臨牀與基礎的研究中，發現有關的因素很多。目前一般認爲發病可能與神經精神障礙、病毒感染或自身免疫有關，有報告家族中有同樣患者，是否與遺傳有關尚無確證。應用鏈黴素、異煙肼、氯磺苯脲、甲磺丁脲等可發生扁平苔蘚樣皮疹，或促使本病加劇。
【病理改變】
口腔粘膜與皮膚損害的鏡下所見基本相同，可概括爲：角化過度與角化不全，伴粒層肥厚基底細胞壞死液化變性，及基底膜下有大量淋巴細胞浸潤。此外，有時在棘層、基底層或結締組織內可看到圓形的嗜酸性膠狀體（Givatte bodies，希氏體），其體積小於棘細胞，但膠狀體也可見於盤狀紅斑狼瘡等多種疾病。在電鏡下可見基底細胞的橋粒與半橋粒的鬆解變性，於是導致大量炎症細胞浸潤，並在基底細胞與基底膜分離的空隙中形成上皮下水皰。變性的橋粒可能成爲抗原而引起自身免疫反應，所以在直接免疫熒光檢查下，有時能在基底膜區出現由免疫複合物沉積所產生的熒光。此外，還可看到基底膜的改變；不規則、增厚、斷裂與重新形成；基底膜斷裂使炎症細胞進入棘層，棘層內的膠狀體可能是被巨噬細胞所吞噬的變性或死亡的上皮細胞。
