容易受感染的系統或器官波及：
（1）泌尿系統：人免疫缺陷病毒感染性腎損害。
獲得性免疫缺陷綜合徵患者腎損害的發生率約爲20%～50%。機會性感染是引起腎損害的主要因素之一。感染引起的體液及電解質異常、敗血症、休克、腎毒性抗生素的使用及惡性腫瘤等均可引起腎損害。鉅細胞病毒及EB病毒可引起免疫複合物腎炎。病理變化爲局竈性或瀰漫性膜增生性腎小球腎炎、急性腎小管壞死、腎小管萎縮及局竈性間質性腎炎等。
（2）呼吸系統：主要是機會性感染引起的肺炎、卡波齊肉瘤以及肺結核等。
艾滋病導致的肺結核：獲得性免疫缺陷綜合徵發生的結核最常見於肺部，除具有咳嗽、咳痰、呼吸困難及胸痛等常見症狀外，還有普通結核病的症狀，如發熱、盜汗、厭食及體重減輕等。有時其臨牀表現與卡氏肺孢菌肺炎或其他機會性感染難以區別，須藉助病原學檢查及X線檢查來鑑別診斷。
卡氏肺囊蟲肺炎：卡氏肺孢菌（肺囊菌）過去認爲屬原蟲，稱爲卡氏肺孢子蟲，現根據形態學和分子遺傳學分析證實屬於真菌。該菌引致感染最爲常見，約佔獲得性免疫缺陷綜合徵肺部感染的80%，是獲得性免疫缺陷綜合徵主要的致死原因。
卡波齊肉瘤：在有廣泛皮損的獲得性免疫缺陷綜合徵患者中，臨牀上診斷的肺部卡波齊肉瘤約爲20%，屍檢的發現率爲50%。但在不伴有皮膚黏膜損害的獲得性免疫缺陷綜合徵患者中，肺部卡波齊肉瘤較少見。大多數本病患者有發熱、乾咳、呼吸困難，但約40%的患者可無任何這類表現。大面積支氣管內膜損害時可有喘息，喉部受累時可發生喘鳴。這些損害導致出血時，可有咯血。支氣管鏡檢查或氣管內膜活檢可診斷本病。胸部X線檢查亦有助診斷。
（3）皮膚黏膜表現：多數獲得性免疫缺陷綜合徵患者均有皮膚黏膜感染。
常見黏膜感染有口腔黏膜白假絲酵母菌感染，一般無症狀。波及咽部及食管時，引起嚴重吞嚥困難。皮膚感染有複發性單純皰疹性口炎、慢性單純皰疹性肛周潰瘍、帶狀皰疹、水痘、皮膚真菌感染及甲癬等。同性戀者還可發生肛周尖銳溼疣和傳染性軟疣。脂溢性皮炎樣病變常發生在患者的生殖器，頭皮、面、耳及胸等處也可見到，表現爲紅斑樣、角化過度的鱗屑斑。在面部常呈蝶形分佈。病因不明。
（4）中樞神經系統：獲得性免疫缺陷綜合徵的神經系統表現。
主要臨牀表現有頭暈、頭痛、進行性癡呆、幻覺、癲癇、肢體癱瘓、痙攣性共濟失調、膀胱直腸功能障礙及腦神經炎等。除HIV引起的進行性亞急性腦炎外，最多見的是隱球菌腦膜炎，臨牀表現可參見相關章節。其他還有鉅細胞病毒引起的亞急性腦炎、弓形蟲性腦炎、類圓線蟲感染、鳥分枝桿菌感染、腦淋巴瘤及卡波齊肉瘤等。尤以播散性類圓線蟲感染爲嚴重，常危及生命。診斷主要依靠腦脊液檢查，頭部X線及CT檢查。
（5）血液系統：血液系統異常在獲得性免疫缺陷綜合徵患者較常見。主要包括粒細胞及血小板減少，貧血以及非霍奇金淋巴瘤等。
（6）眼部受累：獲得性免疫缺陷綜合徵視網膜病變。
獲得性免疫缺陷綜合徵患者眼部受累亦較常見，但易被忽視。據文獻報道，AIDS有40%～92.3%併發眼部病變，其中眼底損害更爲多見。可發生於HIV感染本身，亦可發生於條件致病微生物的繼發感染。
（7）消化系統：約3/4以上的獲得性免疫缺陷綜合徵患者可出現消化系統病變，波及胃腸道的各個部分。假絲酵母菌（念珠菌）屬，鉅細胞病毒和皰疹病毒等侵犯口咽部及食管，引起潰瘍。臨牀表現爲吞嚥痛、吞嚥困難及胸骨後燒灼感，纖維食管鏡檢可確診。胃受累相對較少，偶爾可有白念珠菌引起的蜂窩織炎性胃炎，鉅細胞病毒引起的胃炎。卡波齊肉瘤亦可侵及胃，引起相應的臨牀表現。鉅細胞病毒、鳥分枝桿菌、結核桿菌及藥物等可引起肉芽腫性肝炎，急、慢性肝炎，脂肪肝及肝硬化等。卡波齊肉瘤及其他淋巴瘤亦可侵及肝臟。各種感染及腫瘤亦可侵犯胰腺，但診斷較難。
艾滋病人的急性闌尾炎：AIDS病人患急性闌尾炎雖然爲數不多，腹痛和腹部體徵與AIDS病具有的機會致病菌感染的胃腸道表現相似，因此診斷較爲困難。其誤診率高，併發症多，亟待胃腸道外科醫生注意。
（8）其他：常見有鉅細胞病毒及弓形蟲感染引起的視網膜炎，眼部卡波齊肉瘤等。HIV本身以及機會性感染或腫瘤亦可累及心血管及內分泌系統等，但臨牀表現常不明顯或輕微，可能與發生率較低或不等這些系統病變的臨牀表現出現患者即已死亡有關。某些患者常有原因不明的長期發熱，並伴有體重下降、全身不適及乏力等。有些病例的骨髓、淋巴結或肝活檢標本中證實有分枝桿菌屬細胞內感染，其預後可能比單純合併肺部分枝桿菌屬感染更差。
