在感染早期，人體免疫系統中的細胞毒T淋巴細胞（CTL）能夠殺死HIV感染的細胞並且能限制新的HIV的產生。但CTL控制HIV感染的效力遠遠不及HIV感染健康細胞的速度，不能阻止感染的快速發展和惡化。迄今所有的研究都無法使CTL在艾滋病病毒的發展期和後期有效地控制HIV的大量繁殖。
CTL識別HIV是靠HIV所特有的Tat蛋白。這種蛋白是在被HIV感染的細胞中產生的，並在受感染細胞的表面展示出來，成爲細胞被HIV感染的一種特殊標記。但這種蛋白是一種有8-10個氨基酸的肽鏈，即使有一個氨基酸的變異也足以阻止它在受感染細胞表面展現。進一步的研究發現，Tat肽鏈只是在部分區域上發生變化。Tat肽鏈發生變異的部分都是沒有直接功能作用的區域，並不影響變化後的整體功能。關鍵問題就在於經過Tat蛋白的這番變化，CTL難以識別HIV，也就無法在艾滋病病毒感染的早期和急性期有效地抑制艾滋病的潛伏、發展和惡化。
也有研究表明，過去曾被HIV毒株感染的患者，可能被另一毒株重複感染。HIV的這種多變性和變異性，給藥物和疫苗的研製帶來相當多的困難。到目前爲止，人類還只能聽任HIV破壞人體的免疫系統，戰勝艾滋病還有很長的路要走。
