很多兒童偏頭痛患者早期並不以偏頭痛的典型症狀發病，而是以非典型的特異性症狀出現，如偏癱、意識混亂、腹痛、眩暈等，此類症狀系兒童偏頭痛患者特發，應引起家長和醫生的高度重視。
1、偏癱型偏頭痛
部分兒童偏頭痛患者早期以偏癱症狀發病，每次持續數分鐘或數小時，典型的頭痛、噁心、嘔吐、畏光等症狀並不明顯，容易造成誤診。此類症狀的發生具有明顯的家族性，是一種顯性遺傳，與19號染色體的鈣通道基因缺陷有關。
2、意識混亂型偏頭痛
意識混亂型偏頭痛多見於幼兒患者，患兒的主要表現爲週期性意識混亂、方向感喪失、情緒激動、噁心嘔吐等，在睡眠後會自行緩解，頭痛症狀可不明顯。此類偏頭痛患兒首次發作的診斷率很低。
3、腹痛型偏頭痛
兒童腹痛型偏頭痛患者的常見症狀爲發作性腹部疼痛、噁心嘔吐、輕微頭痛頭暈等，且症狀發作前少有先兆。在經過止吐或抗偏頭痛治療後症狀可有效緩解。
4、眩暈型偏頭痛
兒童偏頭痛患者的陣發性眩暈症狀，是一種較爲少見的偏頭痛變異類型，具有明顯的偏頭痛家族史。患兒對病症的描述爲感覺自己在動，如患兒無法自行描述，其典型表現即緊貼父母，看起來十分驚慌恐懼。
