1、手術時沒有準確地找到內口，或處理內口不正確，造成了假內口;或即使準確找到內口，但未徹底清除感染的肛竇，肛腺及內括約肌的原發病竈，也可導致癒合不佳。
2、竇道尚未形成時急於手術，使炎症擴散，形成新的竇道和膿腔而影響癒合。
3、因瘻管彎曲，術中造成假瘻道或瘻管被殘留，或瘻道內的壞死組織搔刮不乾淨，造成創傷口難以癒合和復發。
4、傷口縫合時留有間隙或死腔，或縫合張力過大。
5、創口內留有異物，如線頭，棉絮等，被周圍肉芽組織包埋，影響創口正常生長癒合。
6、病人體質過分虛弱或伴有糖尿病，肺結核，白血病或貧血等慢性疾病，使創面長久難以癒合。
爲了預防上述情況的發生，術中要徹底清除病竈，以及消除不利於創面癒合的種種因素，術後預防傷口感染，可連續使用抗生素一週，同時要保持創口引流通暢，另外還要注意全身情況，積極治療基礎疾病，方能使肛瘻順利癒合。
