許多自閉症孩子不能消化谷蛋白和酪蛋白其中的一種或兩種。谷蛋白是小麥和其他許多食物中存在的一組蛋白質的統稱；酪蛋白是牛奶蛋白。Alan Friedman 博士及其研究小組建立了一個理論，自免疫機理可能使得對於消化谷蛋白和酪蛋白至關重要的一種酶DPP-IV缺失（遺傳因素）或者沒有激活。Friedman的模型指出DPP-IV的缺失或者沒有激活造成類似嗎啡的物質在體內積累。這種累積使得自閉症兒童頻繁地自我封閉。自閉症的共同特點之一就是忽視他人，看起來好像生活在自己的世界裏。無論Friedman的假設是否真實，許多自閉症兒童確實對一種或幾種食物過敏，這點可以通過食物過敏試驗和禁食來得到證明。大多數自閉症孩子腸道發炎，普遍認爲孩子過敏的食物如麥類和奶類刺激他們的腸子。研究還發現抗生素刺激腸道，同時傷害免疫系統。禁食麥類和奶類是針對不能消化谷蛋白和酪蛋白的首要療法。免疫系統受損和腸子發炎的孩子尤其表現出對真菌（特別是假絲酵母類）入侵的脆弱。糞便培養和其他實驗室測試的結果經常識別出白色假絲酵母的過度生長。確實，一些研究表明假絲酵母類真菌和其他真菌可能是造成自閉症孩子刻板行爲和健康問題的主要原因。許多孩子的病史記載了大量的耳朵感染和抗生素的頻繁服用。所以，這些孩子腸子內的良性菌羣可能已經被毀掉了，就爲不良真菌和細菌繁衍打下了一個基礎。類似的道理，有機汞化合物能夠負面地影響腸子內的菌羣。所以，疫苗的乙烷汞，在體內首先通過腸道生存，也可能損傷腸子內菌羣。當疫苗乙烷汞中毒與濫用抗生素伴隨出現時，良性菌羣數量減少，導致了腸子內的惡性菌羣繁衍和酵母菌的蔓延。
當這些酵母菌種類繁殖時，他們分泌毒素。William Shaw博士在酵母菌及其對自閉症兒童的影響方面進行了開創性的研究。他指出毒素能夠損傷中樞神經和免疫系統。汞的另外一個破壞作用是聯合其他重金屬摧毀專門防衛真菌和細菌的白血球--嗜中性粒細胞。
由於假絲酵母的過度生長引起的健康問題包括腹瀉，胃痛，gas pains，便祕，頭痛，疲勞和沮喪等。行爲問題包括注意困難，多動，注意範圍狹小，易怒和攻擊行爲。
治療酵母菌過度生長有許多安全的方法，包括服用活菌（在腸道內種植良性微生物的營養補充劑）和使用抗真菌藥物來打擊頑固的假絲酵母。一些孩子需要進行特別的禁食，少吃糖和其他促使酵母生長的食物。我已經看到了這些療法在孩子身上的不同效果，從多動和自我刺激的減少，到對視的增加，注意力提高，和語言的增加。
