初次感染生殖器皰疹的患者中，80%～90%爲隱性感染，即沒有臨牀症狀，顯性感染只是少數，一般初次感染恢復後多數轉爲潛伏感染。
原發性生殖器皰疹症狀有：潛伏期2～7天，原發損害是1個或多個小而瘙癢的紅丘疹，迅速變成小水皰，3～5天后可形成膿皰，破潰後形成糜爛、潰瘍、結痂，伴有疼痛。皮損單發或融合，男性好發於龜頭、冠狀溝、陰莖體或尿道口，女性多在陰脣、肛周或陰道發疹，約90%同時侵犯子宮頸，也可累及直腸粘膜。常伴有發熱、頭痛、乏力、肌痛、腹股溝淋巴結腫大和壓痛。症狀持續1～2周，一般3～4周皮損結痂、癒合。
