有關病毒與細胞相互作用的早期過程的一個關鍵概念是艾滋病毒寄生於CD4分子很可能導致gp120和CD4的一些構象變化。最初的寄生似乎發生在CD4的CDR2結構域的2個位點上，而且可能涉及gp120的非線性表位，它通過一種特別的構象結構與CD4受體位點接觸。隨後的gp120移位和（或）細胞酶切割外膜蛋白（如在V3環上）導致病毒外膜的另一改變。這一改變的結果是gp120和CD4構象發生變化，使病毒外膜的其他結合位點與細胞表面的CXCR4、CCR5或其他輔助受體結合，這種相互作用取決於進入的毒株。近來資料表明，V3環在病毒輔助受體利用和轉換中起重要作用，但並非是外膜上與受體相互作用有關的唯一部位。另外，輔助受體的構象變化可能影響細胞對病毒感染的敏感性。
隨後的過程可能涉及gp41融合結構域和靶細胞的細胞膜（可能通過另一個細胞表面受體）。pH非依賴性的病毒細胞融合隨後發生，然後病毒核心進入細胞。Gp120結合後CD4分子的構象改變可能有助於病毒進入細胞，CD4和gp120上的其他區域（如V3環）可能也參與了這些過程。
簡要地說，這種HIV與CD4及隨後的輔助受體之間的相互作用受如下幾個因素的影響，包括：
（1）導致融合的病毒包膜蛋白。
（2）輔助受體的翻譯後修飾。
（3）細胞表面輔助受體的密度。
（4）受體隔離物形成脂質筏，可發生結合形成表達富集區。
（5） CD4的氧化狀態，主要影響與輔助受體結合致融合所需的構象變化。
寄生、融合和核衣殼進入是HIV進入細胞的三個主要步驟。gp41介導的病毒—細胞融合和核衣殼進入（可能由Gag蛋白介導）很可能有助於解釋HIV感染早期尚未解決的一些生物學步驟。可以想像，其中有特異病毒和細胞因子的參與。芽出病毒顆粒上發現的細胞蛋白（如MHC、LFA和ICAM）可增強病毒—細胞的相互作用。所有這些發現都顯示了HIV與細胞相互作用的複雜性，同時也指出聯合應用幾種治療方法有可能阻斷病毒進入細胞。
隨着病毒的進入，隨後的細胞內過程（如核衣殼脫殼、逆轉錄和核轉運）能決定急性感染細胞中病毒複製的程度。一旦穩定的病毒複製開始，CD4分子的表達通常會減少，但在某些毒株中也觀察到例外情況。HIV在宿主內的播散是由於感染性子代病毒的產生，也可能與細胞間的病毒轉移有關，還可能由非包膜介導作用所致。
