肛門周圍及骶尾部也有許多瘻管，易被誤診爲肛瘻，應加以鑑別。
(1)先天性直腸瘻：常開口於會陰或陰道，內口在肛管壁上，不在肛竇附近。
(2)肛門周圍化膿性汗腺炎：該病外口較多，侵犯廣泛，但無內口，與肛管無聯繫。
(3)先天性瘻：由骶尾部囊腫化膿破裂形成，原發外口常在臀溝中點，尾骨尖附近。瘻內可見毛髮，由胚胎發生。
(4)結核性肛瘻：內外口較大，邊緣不整齊，瘻管常無硬變。
(5)骶尾部瘻：常由臀部損傷，如打擊、腳踢和擦傷引起，在骶尾部形成膿腫，從而形成瘻管。
(6)會陰部尿道瘻：這種瘻管是尿道球部與皮膚相通，常在泌尿生殖三角區內，排尿時尿由瘻口內流出。瘻外口位置多數與肛瘻相似，但其由瘻外口排出者爲尿液。尿道瘻常有外傷史和尿道狹窄，且不與直腸相通，肛管和直腸內無內口。
(7)先天性直腸瘻：常開口於會陰或陰道，內口在肛管壁上，不在肛竇附近。
(8)慢性結腸炎併發肛瘻。
(9)其他：如直腸尿道瘻、直腸膀胱瘻、直腸陰道瘻等，較易與肛瘻鑑別。
