一旦肛瘻形成，自愈的機會極少，瘻管複雜化後，帶來許多麻煩與一定的危害性。首先是膿水污染內褲，劇烈活動後可促使濃汁外溢，局部經常受到刺激，皮膚摩擦、瘙癢，非常痛苦，影像工作和學習，久而久之可使身體虛弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出現貧血，發作也越加頻繁，形成互爲因果。
現代醫學認爲，肛瘻與肛周膿腫分別屬於肛周間隙化膿性感染的兩個不同階段。其急性期就是肛周膿腫，而慢性期即爲肛瘻。因此，可以說肛瘻是肛周膿腫發展的一種結局。
肛周膿腫是由肛腺感染後，炎症向肛管直腸周圍間隙組織蔓延而發生的。肛腺的發育和功能主要受到人體性激素，特別是雄性激素的調節。由於雄性激素的作用可使皮脂腺與肛腺分泌旺盛，如果肛腺管阻塞，肛腺液排泄不暢而淤積，它就會感染而引起肛腺炎。這就是導致肛瘻的主要原因。
就男性而言，其體內分泌的雄激素往往要高出女性好幾倍，所以肛瘻的發病率，男性高於女性，其比約爲5—6。
如不及時治療反覆發作，膿液可穿破管壁順括約肌間隙蔓延而形成多發性、複雜性肛瘻，不但給治療帶來了困難，而且也影響到肛門正常生理功能，危及周圍臟器，且有惡變傾向。
