新生兒便祕原因1：飲食不當
新生兒出現功能性便祕與飲食的關係最爲密切。寶寶飲食過細，纖維素攝入不足，對腸壁刺激不夠容易導致便祕；高蛋白攝入過量，容易使腸發酵菌相對減少而影響發酵，進而使大便乾燥緻密；飲食量不足時，由於腸道內殘渣較少，腹肌、腸肌張力不足、蠕動無力，也容易引起便祕；人工餵養的寶寶，牛奶內酪蛋白及鈣質比人奶多，類便中含有多種不能溶解的鈣皁，易發生便祕。
新生兒便祕原因2：排便不規律
寶寶自幼就應養成定時排便習慣，在條件反射的作用下定時排便。由於排便時間不規律且缺乏相關訓練，沒有形成排便反射，有時雖有排便的感覺，但由於貪玩或其他事情干擾，寶寶可能會有意識地抑制便意，時間一長，腸內排便反射的敏感度降低，大便堆積於腸內，水分被吸收，大便變得乾燥，不易排出，就形成了習慣性便祕。
新生兒便祕原因3：先天性生理疾病及解剖缺陷
有些寶寶出現便祕是由於患有某些先天性疾病，如腸狹窄、腸梗阻、直腸或肛門狹窄、幽門痙攣、先天性幽門狹窄、先天性巨結腸等均可引起便祕。
新生兒便祕原因4：精神因素影響
有一些精神上的刺激因素也會引起寶寶出現便祕現象，如生活環境的改變，或者因肛周病變（如肛裂）引起排便疼痛而使孩子懼怕排便，這些都可能導致寶寶出現短期的便祕。
