《入殮師》以入殮師爲故事核心，講述了大悟是怎麼愛上入殮師這個職業的。大悟原本是樂隊裏的大提琴手，樂隊解散後，大悟爲了生活離開東京回老家，並在老家找了一份入殮師的工作，一開始，大悟對入殮師很排斥，心理和生理兩方面都接受不了，後來在社長的幫助下，大悟成爲一名優秀的入殮師，那麼他和妻子美香的結局是什麼？當美香知道大悟是入殮師後，勸說大悟放棄這份工作，可是大悟拒絕了她的要求，美香一氣之下離開了大悟，最後美香有沒有回到大悟身邊？
大悟從大提琴手到入殮師的轉變是這部影片的核心內容，大悟回到家鄉後找新工作，卻誤打誤撞成爲入殮師，這並不是大悟的理想職業，礙於生活壓力，大悟決定試一試，最初，大悟看到屍體後經常嘔吐，甚至吃不下東西，特別是肉類，這時候他覺得自己不適合當入殮師，當他去向社長辭職時，社長讓他品嚐了魚白，大悟吃完魚白後願意留下來。
大悟的入殮師工作被妻子美香反感，她離開了大悟，後來，懷了大悟孩子的美香又回到大悟身邊，並且接受了大悟當入殮師這件事。與此同時，大悟父親離世的消息傳來，大悟親自給父親入殮，發現父親手裏有一個石頭，這是他小時候送給父親的，大悟對父親的恨意徹底消散，他的心結也打開。
大悟的夢想是做一位大提琴家，可是時運不濟，樂隊發生變故，大悟只能賣掉大提琴，帶着妻子回家，他陰錯陽差成爲入殮師，大悟對入殮師並不感興趣，一度想要放棄這份工作，最後受社長影響，大悟覺得入殮師很偉大，於是義無反顧投入這份事業中。
