黃連素是人們最常提到的必備藥物了。它的學名叫做“鹽酸小檗鹼”，是從黃連、黃檗中提煉出來的一種生物鹼。
黃連素對多種細菌，如痢疾桿菌、結核桿菌、肺炎球菌、傷寒桿菌及白喉桿菌等都有抑制作用，其中對痢疾桿菌作用最強，常用來治療細菌性胃腸炎、痢疾等消化道疾病。通常每次口服0．1－0．5克，每日3次。
2003年6月，國家藥監局公佈了一批停用的藥品，其中包括複方黃連素片和複方黃連素注射液，有媒體報道黃連素已停用，引起了很大誤會。所謂的“複方黃連素”是按照地方標準生產的藥物，此次停用是因爲“質量不可控”，該藥與我們常說的黃連素是完全不同的藥物。黃連素仍收錄於國家基本藥品目錄，使用非常安全。
黃連素口服後，幾乎不被胃腸道吸收，只是停留在腸道，對抗致病的細菌。這一特性雖然使黃連素對胃腸道外的感染沒有效果，但由於黃連素不被吸收入血液，所以副作用很小。科學家曾給小鼠按每千克體重8克的用量服用黃連素，24小時後尚有半數小鼠存活。如果換作是體重60千克的人，相當於每天吃上接近250克。黃連素最常見的副作用是便祕，大量應用後偶有噁心、嘔吐、皮疹及發熱，停藥後即可消失。
需要指出的是，腹瀉後若口服兩三粒黃連素即可見效，大多屬於非感染性腹瀉或胃腸功能紊亂等疾病。對於這些與細菌無關的腹瀉，黃連素毫無作用。雖然服藥後常常症狀緩解，但一般與用藥無關。雖然黃連素很安全，但有不少人一腹瀉就吃黃連素，確實很不必要。
