自主神經疾病常見有雷諾病、紅斑肢痛症、神經源性體位性低血壓等。
自主神經系統主要支配和調節機體各器官、血管、平滑肌和腺體的活動和分泌，並參與調節葡萄糖、脂肪、水和電解質代謝，以及體溫、睡眠和血壓等，兩個系統在大腦皮質及下丘腦的支配下，既拮抗，又協調的調節器官的生理活動，自主神經系統可分爲中樞部分和周圍部分。
周圍部分，可分爲交感神經系統和副交感神經系統。
中樞部分包括大腦皮質、下丘腦、腦幹的交感神經及副交感神經核團，以及脊髓各階段側角區，大腦皮層各區均有自主神經的代表區，如旁中央小葉與膀胱及肛門括約肌功能有關，枕葉與瞳孔，島葉與內臟活動有關，丘腦可分爲前後兩區，前區爲副交感神經代表區，後區爲交感神經代表區，下丘腦與糖、水、鹽、脂肪代謝和體溫、睡眠、呼吸、血壓調節等均有密切關係。
1、副交感神經系統，該神經興奮引起支配臟器的保護作用和功能抑制，表現爲瞳孔縮小、唾液分泌增加，心跳減慢、血管擴張、血壓降低、胃腸蠕動和消化腺分泌增加以增進吸收功能，膀胱與直腸收縮從而促進廢物的排出，總之副交感神經興奮可抑制機體損耗，增加儲能，與交感神經起相拮抗作用。
2、交感神經系統，交感神經的衝動常是彌散的，無明確的定位作用，交感神經興奮時引起支配器官普遍的功能增高，表現爲瞳孔散大，眼裂增寬，眼球突出，心跳加快、內臟和皮膚血管收縮、血壓升高、呼吸加快、支氣管平滑肌放鬆、支氣管擴張、胃腸道蠕動分泌功能抑制、血糖升高、凝血時間縮短、脾臟收縮、周圍血容量增加等一些列反應，總之交感神經興奮引起機體消耗增加，器官功能活動增強。
心血管系統及其他內臟器官均受交感和副交感神經雙重支配，兩者即相拮抗，又相互協調，活動時交感系統起主要作用，休息時副交感神經其主要作用，任一系統功能亢進或不足都可引起機體功能失調，因此在大腦皮質影響下的自主神經功能調節有助於維持機體功能的平衡性、完整性和協調性，使機體適應內外環境的變化，自主神經功能是通過其神經纖維終末端釋放不同的化學遞質來實現的。
因此，自主神經按其終末產生遞質不同而分爲膽鹼能神經和腎上腺素能神經，膽鹼能神經包括交感神經及副交感神經節前纖維、副交感神經節後纖維，以及支配血管擴張、汗腺和子宮的交感神經節後纖維，腎上腺素能纖維包括支配心臟、腸管、血管收縮的交感神經節後纖維。
