結石性梗阻是腎結石引起的最常見和最嚴重的損害。梗阻部位常爲腎盂輸尿管連接部，即使只是部分性梗阻，也會造成腎功能的進行性損害。
腎結石可致泌尿系管腔內堵塞，進而造成梗阻部位以上的積水。結石性梗阻常爲不完全性梗阻，有的結石表面有小溝，尿液可沿小溝通過；有時結石雖較大，甚至呈鑄狀結石，但尿仍能沿結石周圍流出，也可能在長時間內不引起積水，腎盂壁纖維組織增生變厚時，則擴張表現不明顯。
梗阻發生後，腎臟的血供開始重新分配，使髓質血流減少，導致腎小球的濾過功能和腎小管分泌功能降低。如果腎積水不斷加重，可使腎臟實質發生萎縮，腎功能受損甚至消失，最後變成含有大量尿液的囊袋。完全梗阻的腎臟在未合併感染時，如果36小時內解除梗阻，腎單位的功能幾乎可以完全恢復；2周以上者可恢復45%～50%；3~4周者爲15%～30%；如果超過6周則很難恢復。部分柯阻的腎臟受到的損傷較輕，但同樣會造成一些不可逆的病變。
