臨牀症狀
流膿是主要症狀，膿液多少與瘻管長短，多少有關，新生瘻管流膿較多，分泌物刺激皮膚而瘙癢不適，當外口阻塞或假性癒合，瘻管內膿液積存，局部腫脹疼痛，甚至發熱，以後封閉的瘻口破潰，症狀方始消失。由於引流不暢，膿腫反覆發作，也可潰破出現多個外口。較大較高位的肛瘻，常有糞便或氣體從外口排出。檢查時外口常爲一乳頭狀突起或是肉芽組織的隆起，擠壓有少量膿液排出，多爲單一外口，在肛門附近。也有多個外口，外口之間皮下瘻管相通，皮膚髮硬並萎縮。也有多個外口位於兩側，瘻管成“馬蹄形”，直腸指診在病變區可觸及硬結或條索狀物，有觸痛，隨索狀物向上探索，有時可捫及內口。若外口不整齊，不隆起，有潛行邊緣，肉芽灰白色或有乾酪樣稀薄分泌物，應懷疑爲結核性肛瘻。
瘻外口流出少量膿性、血性、粘液性分泌物爲主要症狀。較大的高位肛瘻，因瘻管位於括約肌外，不受括約肌控制，常有糞便及氣體排出。由於分泌物的刺激，使肛門部潮溼、瘙癢，有時形成溼疹。當外口癒合，瘻管中有膿腫形成時，可感到明顯疼痛，同時可伴有發熱、寒顫、乏力等全身感染症狀，膿腫穿破或切開引流後．症狀緩解。上述症狀的反覆發作是瘻管的臨牀特點。
表現
①疼痛：瘻管通暢無炎症時，一般無疼痛，只有肛門局部略有腫脹感，行走時可加重，若外口封閉，瘻管存積膿液，或糞便進入瘻管，則會疼痛加重或排糞時疼痛加重，而內盲瘻則常感直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時疼痛加重。
②排膿：排膿是其主要症狀。一般來說，新生成的瘻管排膿較多，膿汁粘稠，黃色、味臭;瘻管日久的排膿相對較少，或時有時無，稀淡如水;若膿量增加，則表示新瘻管生成。瘻管有時會暫時封閉，不排膿液，從而出現局部腫痛，體溫上升，以後封閉的瘻口破潰，又排出膿液，也可從瘻口排出氣體或糞便。
③硬結或瘢痕：由於瘻管壁及瘻口的反覆刺激，使纖維組織增生，在管壁和瘻口形成質韌的結締組織，常表現爲瘻管周圍皮膚變色，表皮脫落，凹陷變形，觸及條索狀硬結通向肛門內。
④瘙癢：肛門部皮膚由於膿液及其他排出物刺激，常感覺皮膚瘙癢。
⑤全身症狀：多數無全身症狀;當肛瘻侵犯範圍較大較深或支管較多時，反覆炎症感染，會導致消瘦、貧血、便祕、排便困難等全身症狀。
