治療口腔潰瘍，分局部和全身兩部分。局部重在消炎、止痛、促進癒合，能有效緩解病情，顯著提高患者的生活質量。促進癒合的藥物很多見，中藥以桂林西瓜霜、冰硼散等散劑爲主，西藥主要爲含皮質激素、抗生素或生長因子的乳膏和膜劑等。選用局部用藥時，可以先試用中藥再試用西藥。
全身治療在於縮短每次發作的病程，延長兩次發作的間隔。治療方法有中藥調理、免疫製劑調理，胃腸道疾病和抗貧血治療等。全身治療要摸準原發病。同時，還要糾正咬脣、咬頰、咬舌等不良習慣，拔除殘牙或改裝不合適的假牙。需要注意的是，這一過程比較複雜，患者不能自行用藥，應在醫生指導下進行。
專家道，複發性口腔潰瘍具有“自限性”，潰瘍通常在7—10天即可癒合。因此，緩解疼痛、促進癒合是“首要任務”，這時選擇起效更快捷的藥物劑型，以及在局部準確用藥非常重要。
以目前最常用的三金西瓜霜系列產品爲例，它們以傳統良藥西瓜霜爲主藥，配以其他地道中藥材精製而成。藥性平和，對口腔黏膜及胃黏膜無強烈刺激。內含人體必需的18種氨基酸及數種微量元素，針對不同症狀與口味，滿足了口腔咽喉患者的多元化個性需求。其中，桂林西瓜霜噴劑藥性最強，治療口腔黏膜潰瘍的功效顯著。
使用桂林西瓜霜噴劑要注意，噴劑中的藥物爲粉劑，與口腔噴霧劑不同，在向口腔內噴藥時要屏住呼吸，以防藥粉進入呼吸道而引起嗆咳。噴劑應直接噴於患處，以達到快速滲入創傷面的目的。在用藥後半小時內，患者應避免進食、飲水，以方便藥物充分發揮作用。
