黃色肉芽腫性腎盂腎炎是一種較少見的特殊類型的感染性腎小球間質性腎炎，目前其發病原因和發病機制尚未完全明顯，可能與以下因素有關。
一、細菌感染
細菌感染會導致腎組織炎症，如腎組織存在長期慢性炎症，將使腎組織發生持續性破壞，脂質釋放，被組織細胞吞噬而形成黃色瘤細胞。
二、尿路梗阻合併感染
泌尿繫結石、男性前列腺疾病（如前列腺增生、前列腺肥大）等都可導致尿路梗阻合併感染，導致黃色肉芽腫性腎盂腎炎。
三、脂代謝異常
類脂質胞漿沉積使巨噬細胞逐漸轉變成泡沫細胞，成堆的泡沫細胞佔據腎間質並激發局部組織的免疫性纖維反應，引起T淋巴細胞及漿細胞的聚集，並分泌有關的生長因子如纖維母細胞生長因子，進而引起腎間質的緩慢纖維化，早期的黃色肉芽腫就初步形成。
四、免疫功能紊亂
大多數黃色肉芽腫性腎盂腎炎患者的免疫功能低下，免疫功能低下將增加細菌感染的機率，誘發此病。
五、創傷後機體的過度反應
有學者認爲，腎臟的隱匿性創傷未得到及時的處理很可能是日後感染竈的基礎。由於腎的隱匿創傷後局部的炎性物質和代謝產物未能及時吸收，局部腎小管上皮細胞受不斷刺激釋放過多的類脂質，使單核吞噬細胞趨化、吞噬與增殖。
