囊腫的主要危害是壓迫腎臟而損害腎功能。所以一般小於4釐米的腎囊腫不需要處理，定期複查即可。較大囊腫需要臨牀治療，如果是腎盂旁囊腫則大小不受4釐米的限制。
大多數學者認爲單純性腎囊腫，如囊腫直徑大於4釐米，有腰痛、血尿、反覆感染、腎實質或腎盂、腎盞明顯壓迫，以及高血壓、囊腫壓迫輸尿管，導致梗阻及疑有惡變等，均是治療指徵。
腎囊腫治療方法主要有三種。B超監視引導下腎囊腫穿刺抽液+注射無水酒精或其他硬化劑，但硬化劑有外溢和可能被吸收等危險，因而會對腎臟產生損害或引起嚴重的併發症。
開放手術創傷較大，恢復慢，影響體力勞動，患者接受性差。
應用腹腔鏡進行手術，僅需在腰部打三個小孔，建立腔鏡通道，用腔鏡進行手術，具有創傷小、術後恢復快等優點，術後第二天就可下地活動，近年已成爲腎囊腫的首選手術方式。
