儘管西地那非被認爲是治療陽痿首選的口服藥物，但臨牀應用時仍需注意以下幾點：
1.由於西地那非使用方便，效果良好，某些患者就有可能傾向於單純尋求藥物治療而不重視陽痿病因的診治，故在使用西地那非之前，仍建議患者去詳細檢查，結合病史、體格檢查和相關實驗室檢查，以做出明確的診斷，患者應瞭解與重視糖尿病、高血壓、動脈硬化、酗酒、吸菸等相關治療的重要性。
2.由於性生活與心臟病發作危險性有一定程度的關聯，在對陽痿患者使用西地那非前，應考慮這一因素，至今已有在服用西地那非期間死亡的病例，儘管多數學者認爲這與西地那非關係不大，但經驗告誡，對心臟病、出凝血障礙、活動性潰瘍、視網膜炎等患者要慎重使用。此外服用任何劑型的有機硝酸鹽藥物的陽痿患者禁忌使用西地那非。
3.在使用劑量上，臨牀研究使用從1.25mg到200mg不等，隨着劑量的增加，副作用的出現率也在增大，目前認爲性生活前1小時使用25mg~100mg大多數是有效的，每日用藥不超過1次，劑量要個體化。
4.西地那非並不是對所有陽痿患者均有效，無效的原因可能是沒有足夠的性刺激，高脂飲食或酒精會影響藥物效果。對於因激素水平異常、與性伴侶關係不佳而導致的西地那非無效，建議先採取教育指導後再服用西地那非治療。
