免疫系統異常在習慣性流產中佔很高的比例，其分類有兩種：
一種是患者本身有自體免疫疾病;另一種是母體連續對胚胎產生排斥(同種免疫流產)。
1.自體免疫疾病流產：患者有紅斑性狼瘡、多發性內分泌系統異常等，流產率會增高。
2.同種免疫流產：指母體對胚胎排斥所產生的習慣性流產。
治療：自體免疫不正常所造成的習慣性流產，可以使用低劑量的阿斯匹林或類固醇進行治療。
1.阿斯匹林：楊主任解釋，阿斯匹林通過預防血凝異常、血栓形成而減少流產發生。
2.類固醇：可抑制自體免疫反應，不過，母體在懷孕之後，仍然需要服用，以免孕期免疫性疾病加重。
3.同種免疫的治療方法是將男方白細胞培養液分數次皮下注射到母體，使其產生免疫耐受。
