繼發性肥胖指的是有明確病因的肥胖，只佔所有肥胖的1%。
包括以下幾類：
⑴神經內分泌性肥胖，包括下丘腦或腦垂體腫瘤、皮質醇增多症、甲狀腺功能低減、下丘腦疾病、假性甲狀旁腺功能低減、生長激素缺乏症、胰島素分泌腫瘤等等，詳細介紹可參考第11問。
⑵某些遺傳代謝綜合徵，如前面所說的肌張力智力低下-性功能減退-肥胖綜合徵、色素視網膜炎-性功能減退-多指畸形綜合徵、肥胖-視網膜退化-神經性耳聾綜合徵、肥胖-生殖無能綜合徵、先天性睾丸發育不全、先天性卵巢發育不全等疾病就容易發生在兒童。除了肥胖以外，這些綜合徵的患兒還會伴有其他異常，譬如發育遲緩、性功能不全、畸形、智力低下等等。
⑶醫源性肥胖，指的是因爲治療其他疾病而附帶引起的肥胖。比如某些小腎病的孩子，長期服用強地鬆等皮質類固醇激素，或是某些顱腦手術影響到了下丘腦，都可以引起肥胖。小兒肥胖的99%以上都屬於單純性肥胖，也就是沒有明確病因的肥胖。
科學家對單純性肥胖的發生原因進行了大量的研究，比較明確的有：
⑴遺傳因素。父母有一方肥胖的，子女肥胖的可能性有32～34%；父母雙方均爲肥胖的，子女肥胖的發生率上升爲50～60%。另一方面，72%的胖孩子，父母中有至少一人也有肥胖。而且目前已經找到了多種與肥胖有關的遺傳基因。
⑵進食過多、營養過剩。目前的孩子往往進食大量的高脂肪飲食、甜食，尤其是無限制地吃零食、喝甜飲料，這些都會引起肥胖。
⑶運動過少。目前孩子的學習負擔越來越重，加上父母望子成龍心切，給孩子增加許多課外學習，比如音樂、美術、外語等等，擠掉了孩子大量的活動時間。另外，即使是課外活動，也是體力活動越來越少，靜止活動越來越多，什麼電視錄象啦，遊戲機啦，都會讓孩子減少活動、增長脂肪。胖孩子就不愛運動，不愛運動的孩子就變得更胖，結果造成惡性循環。
⑷社會心理因素，尤其是家長對小兒肥胖的錯誤認識，最容易造就出一個肥胖的孩子。另外，有研究表明，孩子如果功課壓力過重，或是學習成績不理想，精神長期緊張，就會有意無意地拚命多吃零食，藉以緩解精神緊張的狀態，長此以往，就會出現肥胖。所以，對孩子的肥胖，應該從多方面尋找原因，有針對性地進行治療。由此可見，社會環境因素對肥胖的發生有着相當廣泛的影響 。
