3月28日，國務院批准組織山東濟南非法經營疫苗系列案件部門聯合調查組。當晚疫苗調查組即趕赴山東，全面開展案件調查、處理工作。國務院工作督查組派專人蔘加，全程督查指導調查工作。
3月29日，部門聯合調查組組長、食品藥品監管總局局長畢井泉主持召開了調查組第一次全體會議。
山東疫苗案會議圍繞七個方面開展工作
一是徹查“問題疫苗”的流向和使用情況，全面查清案情。
二是依法嚴厲打擊違法犯罪行爲，對涉案人員必須要依法依規嚴懲重處。
三是對失職瀆職行爲嚴肅問責，包括黨紀政紀處分，構成犯罪的要移送司法機關。
四是做好涉案疫苗接種者風險評估，組織專家研究提出針對性分類處理措施，發現問題及時處置、科學應對。
五是總結案件的經驗教訓，提出堵塞漏洞、完善法規制度、加強疫苗監管工作意見。
六是迴應社會關切，及時公佈案件查處情況，以及專家對涉案疫苗安全性、有效性的科學評估。
七是案件調查工作完成後，全面總結案件查處、責任追究、強化監管、完善制度等情況，形成調查報告報國務院。根據工作需要，調查組下設案件工作組、疫苗經營工作組、疫苗使用工作組、責任追究工作組、綜合組和專家組6個工作組。
對於在調查中故意隱瞞事實、弄虛作假、提供虛假情況的，要從嚴懲處。會議指出，這起非法經營疫苗案件，暴露出疫苗流通和使用中長期存在的管理漏洞和制度缺陷。要按照李克強總理等中央領導同志重要批示指示精神，從這次案件中深刻汲取教訓，舉一反三，推動建立健全監管法規制度體系，完善長效機制。
