首先，隱睪可能引起不育症。一般來說，陰囊溫度低於人體體溫2攝氏度~ 3攝氏度，這種溫度差異正是確保精子產生的重要條件之一。對於雙側隱睪患者，由於睪丸所處環境溫度升高，使得睪丸上皮萎縮，可能阻礙精子的產生，導致不育；而單側隱睪者，下降不全的睪丸受不良溫差影響，破壞了血睪屏障，體內因而產生相應的杭精子抗體或抗睪丸因子，一旦該因子入血，將使對側睪丸“製造”出的精子失去活力。
其次，是睪丸創傷。位於腹股溝的睪丸，由於位置表淺，且腹股溝後壁比陰囊堅硬而彈性較差，故而缺乏緩衝性，容易受到創傷損害，甚至發生睪丸扭轉、壞死。
再次，是發生惡變的概率增加，隱睪癌變的概率比正常者高出20－50倍。
最後，患者因隱睪造成的心理自卑感及婚後不育等問題，均會給患者及家人帶來一定的精神創傷。
