1996年7月，王菲和竇唯結婚。1997年1月，王菲在北京協和醫院產下竇靖童。1999年，王菲和竇唯婚變。1999年8月，竇唯與王菲正式離婚。
2003年王菲在上海拍戲，李亞鵬飛往上海爲王菲設宴慶祝生日，當衆示愛。2004年7月王菲和李亞鵬戀情曝光。
2005年7月，結婚生子。2005年，王菲、李亞鵬在上海投資酒吧“viproom”。2006年5月，王菲產下小女兒，取名李嫣。7月兩人帶女兒去美國治療兔脣，之後共同成立“嫣然基金會”，關注脣齶裂患兒。在12月26日的“嫣然慈善基金答謝會”上募集到1200萬善款。2010年，李亞鵬拍攝《將愛情進行到底》，王菲力挺老公獻唱主題曲《因爲愛情》。
2013年9月13日，王菲李亞鵬在烏魯木齊離婚，發佈微博對外宣佈離婚。微博被轉發評論近百萬條，創造本站微博歷史之最。
王菲有兩個女兒，大女兒竇靖童(1997年1月3日-)，王菲和竇唯的女兒。王菲在《唱遊》中所填詞的《童》便是寫她了。日前她首度在公衆場合登臺唱歌，被贊嗓子媲美王菲。2011年7月10日，竇靖童在微博宣佈已初中畢業，還上載了一張近照。2012年12月，15歲的竇靖童曬出自己的一首原創歌曲，清新的曲風和磁性的嗓音立刻引起圍觀。
李嫣是王菲的第二個女兒，是王菲和李亞鵬所生。2006年5月27日中午12點左右生於北京協和醫院。王菲一共有幾個孩子?李嫣出生時體重8斤，出生後母女平安。由於小李嫣患有先天性脣齶裂，爲此李亞鵬和王菲建立了嫣然天使基金 ，以幫助那些同樣患病的兒童。2013年5月27日，在嫣然慈善晚宴上，李嫣作品“熊貓與小鳥”拍賣百萬。
