肛裂症狀有明確特點，只要詳細訊問病史病程，以及疼痛、出血特點，診斷並不困難。但在診斷時，為了提高診斷的準確性，防止失誤，應嚴格按問診、觸診、視診及活體組織檢驗幾個方面加以鑑別診斷。
視診：急性肛裂肛門部可見分泌物，牽開臀部可見肛裂下端，如用探針輕觸裂口的下端，可引起疼痛;慢性肛裂常見有結締組織外痔。
指診：因括約肌痙攣肛門收緊，如用力過猛，常引起劇烈疼痛，有時須在局麻下檢查。肛門內摸到的裂口，急性者邊緣軟，底淺，有彈性，觸之敏感;慢性者邊硬突起，底深，無彈性。
窺器檢查：可見卵圓形潰瘍，或見細小裂口。急性肛裂的裂口邊緣整齊，底淺紅色;慢性肛裂的裂口邊緣不整齊，底深灰白色，有的嚴重肛裂者還可看到括約肌纖維。
鑑別診斷：須與結核性潰瘍、梅毒潰瘍、軟下疳和上皮癌等潰瘍相鑑別。其中潰瘍性結腸炎和肉芽腫性結腸炎併發之肛裂極易鑑別。
