畸胎瘤治療，必須爭取早期手術切除，以避免良性畸胎瘤因耽擱手術而導致腫瘤惡變，同時可預防腫瘤感染、破裂、出血及併發症的發生。畸胎瘤的手術要點是完整地切除腫瘤，卵巢和睾丸腫瘤均作一側卵巢或睾丸切除，骶尾部畸胎瘤強調務必將尾骨一併切除，以免殘留多能細胞而導致腫瘤復發。
惡性畸胎瘤治療原則為聯合輔助治療，手術切除後常規化學治療1.5～2年，常用順鉑、長春花礆或長春新礆、博萊黴素。近年推薦應用順鉑、阿黴素、異環磷酰胺等化療藥物進行聯合化療。放射治療僅用於明確有鏡下或肉眼殘留的惡性畸胎瘤病例，放療劑量鏡下殘留以25Gy為宜，肉眼殘留者可應用到35Gy，對手術切除完整者，近年主張以化療為主，放療慎用，以避免放療時生殖器官、骨骼發育的延遲損害。
惡性畸胎瘤巨大或廣泛浸潤、臨牀判斷不能切除者，可應用術前化療或放療，使腫瘤縮小後再予延期根治手術，對提高手術切除率、保留重要臟器有積極意義。對晚期病例，應用術前化療或放療也可達到解除腫瘤壓迫、控制轉移灶和爭取再次手術機會的治療目的。
畸胎瘤來源於卵巢的生殖細胞，一種是囊性的成熟的畸胎瘤，這就是良性的。還有一種是惡性畸胎瘤，就是含有惡性成分。
良性畸胎瘤裏面可以含有很多種成分，包括皮膚、毛髮、牙齒、骨骼、神經組織，有一部分神經組織發育不完全就把它化為惡性畸胎瘤，這個惡性程度比較大，但是治療預後比較好。
畸胎瘤絕大多數是良性，如果腫瘤很小，2、3公分以下我們都建議暫時觀察。如果是3公分以上，這就需要做手術。畸胎瘤本身不是很均質，密度不均醫學|教育網·蒐集 整理勻所以容易發生扭轉，畸胎瘤治療我們建議3公分以上做手術。如果是3公分以下，腫瘤太小我們手術要去尋找它，這樣會比較麻煩，同時對卵巢破壞很大，有的甚至找不到，這個時候就建議繼續觀察，但是要定期隨訪。如果長大就做，如果不長大就觀察。
