《意見》明確支持我國醫藥行業由大變強，面對我國醫藥行業發展結構不合理，自主創新能力弱、技術水平不高、產品同質化嚴重、生產集中度低等問題，《意見》指出加快結構調整是戰略性新興產業的緊迫任務。
中投顧問醫藥行業研究員郭凡禮指出，此次三部委發佈的《關於加快醫藥行業結構調整的指導意見》提出了具體的任務和目標。比如基本藥物主要品種銷量居前20位企業所佔市場份額應達到80%以上等，這使得此次《意見》顯得飽滿。這不僅是此次《意見》的一大亮點，也是同以往“大綱領、大框架”政策最大的不同之處。
郭凡禮指出，當然，此次《意見》仍有自身的不足。那就是雖然提出了明確的目標任務，但是卻沒有提出相應的措施和扶持方案，這不僅使得此次《意見》顯得頭重腳輕，而且也給其提出的遠大目標蒙上了一層薄霧。比如《意見》中明確提到了要減少國內醫藥企業的數量，但是具體怎麼減、減多少並沒有一個十分量化的指標。
中投顧問研究總監張硯霖指出，也正是沒有明確的措施，因此此次《意見》中提到的目標是否能實現仍然是個問號。拿“醫藥百強企業銷售收入佔到全行業的銷售收入的50%以上”來說，如今我國醫藥百強企業銷售收入佔到整個醫藥行業的25%，5年內從25%提高到50%如果沒有中央及地方政府的支持，單靠市場行爲很難實現這一目標。
中投顧問發佈的《2010-2015年中國醫藥行業投資分析及前景預測報告》指出，此次《關於加快醫藥行業結構調整的指導意見》主要將對創新能力和研發實力比較強的醫藥各細分行業的龍頭企業帶來利好，比如中藥類的康美藥業、天士力；生物製藥類的華蘭生物、天壇生物；醫療器械類的萬東醫療以及受益基本藥物集中度提升的哈藥股份等等。
