嬴駟殺商鞅的原因有三點。第一個原因是商鞅變法觸動了貴族階層的利益，遭到他們的反對。商鞅變法廢除了井田制，承認了土地私有和買賣，商鞅這一做法，鼓勵了百姓重視農業，提高了百姓的生產積極性，迎合了新興土地階層的利益。
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但是，損害了貴族階層的根本利益，加上，商鞅廢除了世卿世祿制度，這一做法更是引起貴族階層的強烈不滿。秦孝公時期，對商鞅變法十分重視和推崇，貴族階層不敢輕易彈劾商鞅。秦孝公去世後，商鞅便遭到貴族階層的圍攻。
二是商鞅變法威脅到了統治階層的利益。商鞅變法在秦國進行的十分順利，一個原因是因爲秦孝公的支持，另一個原因就是得到廣大秦國子民的擁護。商鞅變法的成功，讓商鞅個人在秦國也成爲了家喻戶曉的人物。爲了表揚商鞅，秦孝公還封地給他，商鞅手上又有重權，這點讓剛繼位的嬴駟很不安心。朝中大臣誣陷商鞅想要謀反，嬴駟藉此機會，抓捕商鞅。並且將商鞅的同黨一併剿滅，不給他們留有發言權，嬴駟的這一做法，鞏固了自己的統治。
三是嬴駟在當太子時，因爲觸犯了法令。商鞅認爲太子觸犯法令更要以身作則接受懲罰，礙於太子年幼，便用重刑懲罰了嬴駟的老師。這一做法讓嬴駟懷恨在心，在他繼位後，第一件事就是以謀反之罪抓捕商鞅將他處決。
