以下这些疾病的症状与肺脓肿的症状相似，易被误诊。医患在诊断的过程中应细心观察相关疾病的症状，避免误诊，延误治疗。
细菌性肺炎：早期肺脓肿与细菌性肺炎在症状和X线胸片表现上很相似，但肺炎球菌肺炎多伴有口周疱疹、咳铁锈色痰而无大量脓臭痰，X线胸片示肺叶或段性实变或呈片状淡薄炎症病变，边缘模糊不清，没有空洞形成。如细菌性肺炎经充分的抗生素治疗后高热不退，咳嗽、咳痰加剧并咳出大量脓痰时应考虑为肺脓肿。
空洞型肺结核继发感染：由于肺脓肿和空洞型肺结核有相同的好发部位，且慢性肺脓肿有咯血，临床上可误诊为肺结核。但空洞型肺结核起病缓慢，病程长，有长期咳嗽、午后低热、乏力、盗汗，食欲减退或有反复咯血；X线胸片显示空洞壁较厚，一般无气液平面，空洞周围炎性病变较少，常伴有条索、斑点及结节状病灶，或肺内其他部位的结核播散灶，痰中可找到结核杆菌。
肺癌：癌性空洞继发感染时与本病相似，但脓痰量较少。阻塞性感染由于支气管引流不畅，抗生素效果不佳。X线胸片示空洞壁较厚，多呈偏心空洞，残留的肿瘤组织使内壁凹凸不平，空洞周围亦少炎症浸润，肺门淋巴结可有肿大，故不难与肺脓肿区分。如不易诊断可从痰中找癌细胞和纤维支气管镜肺活检以明确诊断。
肺囊肿继发感染：肺囊肿继发感染时，患者可有高热、脓痰，胸片可见囊肿内气液平，易误诊为肺脓肿。但病人全身中毒症状较轻，抗生素治疗后，可很快控制病情，胸片改变较快，短期内恢复薄壁囊腔，可与肺脓肿鉴别。
