污染源1
来自桶装水的桶颈部分
因为这是与饮水机“聪明座”最紧密接触的地方。一些厂家对瓶颈部分不严格消毒，密封性能不够，甚至使用劣质瓶盖，工作人员在运输过程中，一提瓶颈瓶盖就会脱开，这样又使水遭到二次污染。
饮水机的进水口、贮水箱内壁和冷水管道因温度适宜极易滋生细菌，即便使用合格的桶装水，亦是如此。若不注意清洗，会引发人体消化系统、泌尿系统的疾病。因此，建议消费者在每次换水时对饮水机进水口进行清洗，若是聪明座类型的饮水机，还可取下聪明座放入消毒柜(低温)或微波炉进行消毒处理，长时间不用时，应将贮水箱内的水放掉，再次使用时先用饮用水冲洗一次。
污染源2
进入饮水机的空气
我们从饮水机里取水的时候，从龙头中放出多少体积的水，在此同时就会从周围环境中补充等量体积的空气进入桶装水中，而室内空气中含有大量的灰尘、细菌等有害物质，这些空气进入饮水机桶装水后，造成了饮用水、饮水机的二次污染。虽然现在大部分的厂家在饮水机的入气口安装了普通的过滤绵，一些知名品牌则安装了光触媒、冷触媒等更先进的空气过滤装置。这样的设计，对饮水机的二次污染起到了很好的预防作用，但需要一段时间及时清洗消毒这些装置，否则它会成为细菌滋生的温床。还有，以矿泉水为水源的饮水机经加热煮沸后，水中的碳酸氢根中的氢原子分解成了碳酸根离子，它们与矿泉水中的钙、镁等矿物质结合会生成不溶于水的沉淀物，时间一长就会沉积于饮水机水胆的底部产生积垢，不仅影响水质，而且会影响饮水机的加热效果并容易产生噪音。
清洗饮水机DIY
目前，虽然市场上已有抑菌设计的饮水机出售或是部分饮用水厂家开始为消费者清洗饮水机，但至关重要的是，消费者应该加强自我保护的意识。其实，家庭自行清洗饮水机并不难。
1.先打开饮水机后面的排污管，排空余水;
2.打开所有饮水开关放空余水;
3.将专用于饮水机消毒的去污泡腾片1片溶解在2升左右的清水里，取用其部分消毒液擦洗饮水机内胆和盖子的内外侧;
4.其余消毒液充盈整个腔体，待留置10-15分钟后，再打开饮水机的开关，包括排污管和饮水开关，排尽消毒液;
5.用7-8升的清水连续冲洗饮水机整个腔体，再打开所有开关排尽冲洗液;
6.最后用消毒液擦洗开关处的后壁，这样整个消毒过程就完成了。
